Noguchi Hideyo chào đời tại Inawashiro, tỉnh Fukushima vào ngày 9 tháng 11, năm 1876. Năm 1878, ông không may đã bị ngã vào lò sưởi và bị thương ở tay trái. Không có bác sĩ trong ngôi làng nhỏ, nhưng một trong những người đàn ông đã kiểm tra cậu bé và nói rằng: "Các ngón tay của bàn tay trái hầu hết đã biến mất và cánh tay trái, bàn chân trái và bàn tay phải bị bỏng; tôi không biết điều đó tệ đến mức nào."Tuy ông bị liệt cánh tay trái nhưng ông luôn cố gắng phấn đấu bản thân nên ông học rất giỏi vì thế đến năm 20 tuổi ông đã đậu vào trường Đại học y khoa Nhật Bản. Năm 1898, ông đã đổi tên thành Hideyo vì ông đã đọc được một tiểu thuyết về một bác sĩ trùng tên Seisaku với ông. Bác sĩ trong câu chuyện thông minh như Noguchi nhưng trở nên lười biếng và hủy hoại cuộc đời.